Za návštěvu Svatého Jana pod Skalou stojí poutní areál, ale také cesta nad obcí ke skalní vyhlídce. V jednom údolí se tu potkávají barokní památky, příběh poustevníka Ivana a krajina Českého krasu. Národní památkový ústav označuje obec za nejstarší doložené poutní místo v Čechách.
Kostel a jeskyně pod ním
Dominantou obce je kostel Narození svatého Jana Křtitele s bývalým benediktinským klášterem. Celý areál včetně zahrady a přilehlých pozemků získal v roce 2018 status národní kulturní památky. Klášter není běžně přístupný, návštěvníci se proto soustředí hlavně na kostel, jeskyni a další místa v okolí.
Raně barokní kostel byl postaven roku 1661 a jeho architektura se spojuje s Carlem Luragem. Přibližně o padesát let později se na statickém zajištění stavby podílel Kilián Ignác Dientzenhofer. V interiéru je oltářní obraz Zjevení svatého Jana Křtitele poustevníku Ivanovi, mramorová křtitelnice z roku 1576 i Ivanův náhrobek se schránkou jeho ostatků. Ve věži visí zvon z roku 1401, který nese nejstarší dochovaný staročeský nápis na zvonu.
Pod kostelem se nachází vstup do jeskyně svatého Ivana. Podle legendy v ní v 9. století žil poustevník Ivan. V původní travertinové dutině se zachoval portál renesančního kostelíka Panny Marie; uvnitř jsou také náhrobní kameny opatů, připomínky poutní tradice a krápníková výzdoba v zadní části. Legendární příběh poustevníka se tu prolíná s historicky doloženou úctou, která místo po staletí proslavovala.
Ivanův pramen nepatří k pití
Nedaleko kláštera vyvěrá Ivanův pramen. Jeho silně mineralizovaná alkalická voda se dříve využívala při vodoléčbě a do 70. let 20. století se stáčela pod názvem Ivanka. Měla pověst léčivé vody, dnes ale není určena ke konzumaci. Obec upozorňuje, že její složení kolísá a rozbory zjistily mimo jiné zvýšené množství dusitanů a bakterií.
Prameniště se dlouhodobě sleduje a jeho podzemní systém zkoumají speleologové. Po vydatných deštích se voda v minulosti někdy zakalila nebo dočasně zmizela. Jde o důsledek složitých podzemních poměrů Českého krasu, kde se v okolí nacházejí travertinové útvary i jeskynní systémy. Zdejší krajinu utvářelo působení vody na vápenec po dlouhá geologická období.
Strmý výstup za výhledem
Od poutního areálu stoupá značená cesta ke Svatojánské skále a vyhlídce U kříže. Výstup je krátký, zato prudký; na trase jsou přírodní schody a dřevěné zábradlí. Po dešti může cesta klouzat, proto se hodí pevná obuv. Náročnější úsek by měli vzít v úvahu také rodiče s malými dětmi a méně jistí turisté.
Z vyhlídky se otevírá pohled do kaňonovitého údolí Kačáku, tedy potoka Loděnice, i na přechod mezi krasovou krajinou a okolím, které krasové není. Český kras je významný také pro geology a přírodovědce: bylo tu objeveno přibližně 700 jeskyní a zdejší vápence vznikaly zhruba před 400 miliony lety ze schránek mořských bezobratlých.
Okruh přes kapli a Solvayovy lomy
Svatojánský okruh měří přibližně čtyři kilometry, má jedenáct zastavení a jeho projití zabere podle tempa asi dvě a půl až tři hodiny. Vedle kostela s Ivanovou jeskyní, pramene a vyhlídky zahrnuje také kapli Povýšení svatého Kříže. Stojí na místě, které tradice spojuje se zjevením Jana Křtitele poustevníku Ivanovi. Sousoší Krista na kříži, Jana Křtitele a Ivana vzniklo v roce 1602, kapli nad ním postavili roku 1714.
Pěší trasa vede také údolím Stydlých vod a ke Skanzenu Solvayovy lomy. Tam se lze seznámit s historií těžby vápence, projít štolu a svézt se úzkokolejnou železnicí. Svatým Janem prochází rovněž Cesta Vojty Náprstka z Berouna přes obec do Karlštejna, kterou obec označuje za nejstarší dochovanou značenou turistickou trasu v Česku. Z obce lze pokračovat k Bubovickým vodopádům, do Srbska, ke Koněpruským jeskyním nebo ke Karlštejnu. Kostel a jeskyně mají omezený přístup; kaple a další hůře přístupná místa se otevírají především při komentovaných vycházkách.