V nepomuckém muzeu se během jedné návštěvy potkává několik různých podob regionální historie. V někdejší radnici na náměstí A. Němejce i v bývalé piaristické koleji jsou expozice o klášteru Pomuk, zámku Zelená Hora, venkovském životě a také o americkém bombardéru sestřeleném za války nedaleko města.
Radnice, soud, škola i muzeum
V domě čp. 126 sídlila nepomucká radnice od středověku do roku 1911. Později zde fungoval okresní soud a škola. Sbírka zaměřená na dějiny města a okolí se začala systematicky budovat v roce 1961.
Na náměstí stojí také bývalá piaristická kolej. Její budova vznikala v 60. letech 19. století jako kolejní a školní zázemí; stavbu umožnil odkaz Václava Vojtěcha ze Šternberka z roku 1707. Piaristé působili v Nepomuku do poloviny 20. století, kdy město opustili. Dnes prostory koleje hostí muzejní instalace, výstavy i kulturní programy.
Klášterní areál a zámek na Zelené Hoře
Podobu někdejšího cisterciáckého kláštera Pomuk přibližuje trojrozměrný model celého areálu. Klášter je spojený s územím dnešní obce Klášter a model vychází z archeologických poznatků i stavebních pravidel cisterciáckého řádu. Pomáhá představit si místo, po němž dnes v krajině zůstaly především terénní stopy.
Samostatná expozice se věnuje zámku Zelená Hora, jeho stavební historii, majitelům i době, kdy objekt využívala armáda a pomocné technické prapory. K vidění jsou dobové fotografie, stolní hodiny z někdejšího červeného salonku a portrét hraběnky Marie Dominiky z Martinic, známé jako Černá paní ze Zelené Hory.
Domácnost, obrazy a život na venkově
Venkovská domácnost obrací pozornost k běžnému životu 19. a počátku 20. století. Expozice představuje malované skříně, plzeňský kroj, kuchyňské náčiní i hračky ze Skašova. Právě tyto předměty doplňují příběhy kláštera a šlechtických sídel o to, jak vypadalo každodenní zázemí místních domácností.
Nepomuckým rodákem je malíř Augustin Němejc, autor venkovských scén z Plzeňska. Jeho tvorbě je věnovaná muzejní expozice a také sousední rodný dům, kde je vystaveno více než padesát obrazů a kreseb. Mezi zajímavé položky patří kopie opony plzeňského Divadla J. K. Tyla a nedokončený obraz určený prezidentu Tomáši Garrigue Masarykovi.
Příběh bombardéru B-24
Válečná expozice připomíná letecké boje nad Protektorátem Čechy a Morava. Zaměřuje se na bombardér B-24 Liberator, který byl 22. února 1944 sestřelen poblíž Nepomuka. Z deset členů posádky přežil pouze střelec Sgt. R. A. Noury. Části letounu vykopali u obce Prádlo na začátku 90. let.
Kabinet, podkroví a bývalá kaple
Nepomucký kabinet v podkroví někdejší školy nabízí vedle geologické části s regionálními kameny také zoologický kabinet věnovaný mimo jiné invazivním druhům. Urbanistická instalace umožňuje sestavit vlastní město a audiovizuální část pracuje se starými němými filmy i vzpomínkami pamětníků. Digitální projekt Typografie Nepomuku zachycuje obyvatele historického centra podle jednotlivých domů od roku 1540.
V muzeu je také dětský zážitkový prostor, podkrovní klub s výhledem na rodný dům Augustina Němejce a sál pro přednášky, koncerty, divadelní představení a krátkodobé výstavy. V roce 2026 byly představeny rekonstruované podkrovní prostory kabinetária, kde je mimo jiné vlk v životní velikosti, sbírka kamenů a motýlů. Bývalá kaple piaristické koleje se otevřela jako prostor Atrium Piarum.
Městské muzeum a galerie sídlí na adrese Náměstí A. Němejce 126 v Nepomuku. Otevírací doba a vstupné se mění podle sezony a programu. Prohlídku lze spojit s návštěvou historického centra nebo rodného domu Augustina Němejce.