Na prohlídce milevského klášterního areálu stojí za pozornost také kostel svatého Jiljí. Jeho nejvýraznějším prvkem je síťová klenba v presbytáři, na níž navazují malby a nápisy spojované s rodem Hodějovských z Hodějova. Stavba ale zaujme i staršími románskými částmi a nálezem skrytého prostoru v severní zdi.
Starší než milevský klášter
Kostel vznikl ve druhé polovině 12. století, ještě před založením kláštera. Pravděpodobně patřil k velmožskému dvorci Jiřího z Milevska. Písemné zmínky jej dokládají v 80. letech 12. století, uvádí se také rok 1184.
V roce 1187 založil Jiří z Milevska premonstrátskou kanonii. Přišli do ní řeholníci ze Želiva a do dokončení klášterní baziliky Navštívení Panny Marie využívali kostel svatého Jiljí jako modlitebnu. V počátcích se proto kanonie označovala také jako klášter svatého Jiljí.
Románské stopy a gotická přestavba
Ve 14. století získal kostel při přestavbě převážně gotickou podobu. Je jednolodní, má pětiboký chór, románskou zvonici a gotické konstrukce krovu. Nejstarší zdivo je dobře patrné na severní straně, kde se dochovalo kvádříkové zdivo.
Románský původ připomíná i západní zvonice se sdruženými okénky. Její poslední patro je dřevěné. V lodi je plochý strop s replikou renesančního kazetového stropu; podél jeho obvodu zůstaly patky někdejší gotické klenby.
Klenba, která dala jméno vlastnímu typu
Presbytář zastřešuje síťová klenba, jejíž žebra vytvářejí pravidelný vzor. Místní odborné a turistické materiály ji řadí k nejstarším dochovaným klenbám tohoto druhu v Česku. Mluví se proto o milevském typu klenby, jehož vliv se spojuje i s pozdějšími stavbami, například s kostelem svatého Víta v Českém Krumlově.
Její přesné pořadí mezi srovnatelnými památkami je třeba chápat jako součást místní odborné tradice. I bez něj je však klenba cenným dokladem gotického stavitelství a prvkem, který kostelu propůjčuje osobitý charakter.
Chodba ukrytá v dvojité zdi
Při opravách a stavebněhistorickém průzkumu byla v severní dvojité románské zdi odhalena úzká chodba dlouhá přibližně šest metrů. Končí malou místností uvnitř zdiva a její prostor souvisí s nálezem Milevského relikviáře i fragmentu hřebu ze Svatého kříže.
Příčný trám, který chodbu uzavíral, byl dendroanalýzou datován do poslední čtvrtiny 15. století. Výzkum v prostoru zaznamenal také stopy ultramarínové modři; na fragmentu hřebu se zachovaly zbytky textilie.
Od chátrání k obnově
Po zrušení kláštera v roce 1785 převzala hlavní farní úlohu bazilika Navštívení Panny Marie. Kostel svatého Jiljí postupně ztrácel své původní postavení a chátral. Později byl obnoven, přesný rok této opravy však nelze spolehlivě určit, protože místní údaje se v něm rozcházejí.
Další práce proběhly v letech 2022 až 2023. V interiéru přibyla nová pálená dlažba, opravily se omítky, výmalby i elektrické rozvody a v části prostoru se odkrylo původní románské zdivo. Dnes kostel slouží především jako obřadní, respektive smuteční síň.
Kostel je součástí prohlídkového okruhu Sakrální stavby, který pořádá milevský klášter a zahrnuje také baziliku a další části areálu. Prohlídky se nekonají během bohoslužeb a jejich režim se může měnit.